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隋朝统一后，兖州改为鲁郡，辖、任城、邹、曲阜、平阳、泗水、宫丘、、博、赢10郡。
唐朝并无大变，但五代的周于第二年(952年)设济州，割云州巨野、运城，兖州任城，单州金乡归其管辖。这一时期境内其他郡多为兖州。
宋正和八年(1118年)，兖州一度升为攻庆府，原宪、泗水、丘福、邹县均属其管辖。
金天德二年(1150年)，济州从巨野迁至任城，统领任城、嘉祥、运城、金乡四郡。
元八年(1271年)济州升为集宁府，元十六年(1279年)改为集宁道。此后，境内历代为地方二级政权机关驻地，行政区划如下。
元朝时至元十六年(1279年)，境内修筑集宁路，任城辖济州、陕州、兖州、任城、巨野、运城、肥城、金乡、砀山、奉贤等三州七县。
明朝洪武元年(1368年)，集宁道改为集宁府，辖3州12县。即:兖州、东平、益州、任城、金乡、巨野、运城、嘉祥、曹、丹、定陶、成武、鱼台、滕、歙县。吴鸿十八年(1385)，集宁府改为州，只带三县。即:嘉祥、巨野、运城。
清朝雍正二年(1724年)，集宁府升为直隶府，仍领嘉祥、巨野、运城三县。乾隆四十一年(1776年)，济宁直隶州领三县。即:嘉祥、鱼台、汶上。乾隆五十四年(1789年)，济宁直隶州领三县。即:嘉祥、鱼台、金乡。
民国时期，民国三年(1914年)六月设集宁路，辖25县。即:济宁、资阳、曲阜、宁阳、邹、滕、泗水、汶上、沂、金乡、嘉祥、鱼台、蓝山(后改名临沂)、郯城、费、蒙阳、应、沂水、菏泽、曹、丹、成武、定陶。
民国二十二年(1933年)在境内设立第一个山东省行政督察署，下辖11个县。即:济宁、资阳、汶上、宁阳、曲阜、邹、滕、东平、嘉祥、金乡、鱼台县。
民国二十四年(1935年)七月，改为集宁实验区总督府，辖十四县。即:济宁、嘉祥、巨野、运城、寿章、鄄城、定陶、成武、曹、丹、金乡、鱼台、东平、汶上县。
民国二十四年(1935年)冬改为山东省第一区行政督察专员公署，下辖10县。即:济宁、资阳、东平、汶上、邹、滕、宁阳、曲阜、嘉祥、鱼台县。
民国三十五年(1946年)九月，在境内设立山东省第二行政督察署，下辖七县。即:济宁、嘉祥、运城、巨野、寿章、东平、汶上县。
1950年5月，济宁为藤县专区。下辖济宁及藤县、华山、临城、邹县、浮山、通北、平邑、资阳、丰县、歙县、曲阜、白彦、沛县等16个县市。
1953年7月，藤县区和湖西区合并为集宁区，专站由藤县迁至集宁。辖济宁市、济宁县、紫阳县、曲阜县、邹县、浮山县、藤县、歙县、薛城县、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县。
1956年2月，泰安专区泗水县划归集宁专区。同时，版图的划分也进行了调整，撤销鱼台县，并入金乡县；浮山县、薛城县被撤销。此时的济宁特派员公署主管济宁市、济宁县、紫阳县、曲阜县、泗水县、邹县、藤县、歙县、巍山县、金乡县、嘉祥县、汶上县。
1958年12月，经国务院批准，撤销菏泽特区，各县划归济宁专署；撤销济宁县，分别划归济宁市和运城、巨野、金乡县；紫阳县撤销，划归曲阜县。此时，济宁特派员公署主管济宁市、曲阜县、泗水县、邹县、藤县、陵县、微山县、金乡县、汶上县、荷泽县、曹西安县、单县、成武县、鄄城县、巨野县、郓城县、梁山县。
1959年7月，菏泽专区恢复，济宁专署辖济宁市、曲阜县、泗水县、邹县、藤县、歙县、巍山县、金乡县、汶上县。
1960年1月，歙县撤销，划归新建的枣庄市。此时，济宁专署掌管济宁市、枣庄市、曲阜县、泗水县、邹县、藤县、微山县、金乡县、汶上县。
1961年9月，枣庄市脱离集宁区。十月，恢复嘉祥郡；撤销紫阳县，新设兖州县。至此，济宁专署辖济宁市、兖州县、曲阜县、泗水县、邹县、藤县、微山县、金乡县、嘉祥县、汶上县。
19年7月，恢复鱼台县；1965年4月，恢复集宁县；属于济宁地区。
1967年，济宁专区改称济宁专区。
1979年1月，藤县划归枣庄市。此时济宁有1市10县。即济宁市、济宁县、兖州县、曲阜县、泗水县、邹县、金乡县、嘉祥县、鱼台县、汶上县、巍山县。
1983年10月5日，济宁市中区成立，以原济宁市辖区为辖区；设置济宁市郊区，以原济宁县辖区为辖地。调整后，济宁市人民政府辖市区、郊区、兖州、曲阜、邹县、巍山、鱼台、金乡、嘉祥2区7县。
1985年3月，汶上县、泗水县划入济宁市。1986年6月，曲阜县改为曲阜市，由济宁市管理。1989年12月，原菏泽地区梁山县划归济宁市。
19年兖州县、邹县撤县设市。
1993年12月，郊区改称任城区。济宁下辖两区三市七县，分别是市中区、任城区、曲阜市、兖州市、邹城市、巍山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、泗水县市、梁山县。
2013年11月，济宁部分行政区划调整:撤销市中区、任城区，设立新的任城区，原市中区、任城区为任城区新的行政区域；撤销兖州市，设立济宁市兖州区，以原兖州市行政区域为兖州区行政区域。
